（一）忽視了稅收優(yōu)惠備案工作
在海南高新技術(shù)企業(yè)認定之后，企業(yè)在充分享受?chē)医o予的所得稅政策之前，需要進(jìn)行詳細備案，填寫(xiě)研發(fā)費用具體明細等信息。若是在企業(yè)認定之后忽略了備案工作，就會(huì )出現享受不到所得稅優(yōu)惠政策的風(fēng)險。
（二）海南高新技術(shù)企業(yè)資格審核不合格
企業(yè)在獲取到高新技術(shù)企業(yè)的資格證以后，時(shí)隔三年就需要進(jìn)行一次復審，依據復審需求來(lái)提供資料。若是所提供的資料不滿(mǎn)足高新技術(shù)企業(yè)的復審要求，高新技術(shù)企業(yè)的資格證將會(huì )被取消，進(jìn)而出現補繳稅款的風(fēng)險。
（三）財務(wù)處理的不規范
1.會(huì )計核算方面不夠規范，沒(méi)有建立研發(fā)支出賬戶(hù)。高新技術(shù)企業(yè)對科研項目進(jìn)行研究時(shí)所花費的項目，是需要構建一個(gè)單獨的研發(fā)支出科目，來(lái)進(jìn)行單獨核算，并且把開(kāi)發(fā)支出與研究支出這兩方面進(jìn)行分別核算，應該給予一些資本化與費用化的研究資金。
若是企業(yè)利用下設研發(fā)支出或是管理費用科目進(jìn)行核算，就無(wú)法準確對費用化、資本化的金額進(jìn)行劃分，依據我國扣除管理方法中有關(guān)規定，未建立專(zhuān)賬管理費用，在費用歸集方面不準確，致使其無(wú)法享受所得稅優(yōu)惠，進(jìn)而存在涉稅風(fēng)險。
2.高新技術(shù)服務(wù)銷(xiāo)售的收入并未進(jìn)行單獨核算。高新技術(shù)企業(yè)對高新技術(shù)產(chǎn)品要求收入單獨核算，若是與其他非高新技術(shù)產(chǎn)品銷(xiāo)售收入不能有效分開(kāi)，這對于資格審查以及認定有巨大影響，進(jìn)而出現涉稅風(fēng)險。
3.研發(fā)費用未依據項目標準來(lái)進(jìn)行準確歸集。高新技術(shù)企業(yè)在含有多個(gè)研發(fā)項目時(shí)，若是把其他項目費用分給創(chuàng )新性項目，這就致使了高新技術(shù)企業(yè)的研發(fā)項目的費用有所增加，提高了加計扣除的基數，進(jìn)而出現涉稅風(fēng)險。
（四）過(guò)分追求認定指標
1.在研發(fā)人員在確認方面不夠準確。
高新技術(shù)企業(yè)主要發(fā)展條件就是企業(yè)研發(fā)人員的確定，企業(yè)從事研發(fā)或是有關(guān)技術(shù)創(chuàng )新活動(dòng)的科技人員占企業(yè)職工總數的百分之十。
因為企業(yè)中從事研發(fā)方面的工作人員較少，這便充分反映出了學(xué)歷證明以及工資薪金等不夠全面，造成科研人員在進(jìn)行確認時(shí)也不夠充分，此種現象對于高新技術(shù)企業(yè)在復審過(guò)程中極為不利，會(huì )存在一定涉稅風(fēng)險。因此需要加大對研發(fā)人員的確認程度，才會(huì )有效的控制涉稅風(fēng)險發(fā)生。
2.研發(fā)費用的占比不夠合理。
高新技術(shù)企業(yè)關(guān)鍵條件之二就是企業(yè)的研發(fā)費用，企業(yè)在不斷進(jìn)行研發(fā)工作中，研發(fā)費用一定要符合企業(yè)的費用總額在銷(xiāo)售總額中的比例，依據企業(yè)的銷(xiāo)售收入額度來(lái)對其占比進(jìn)行確定，銷(xiāo)售額越高所占據的比例越小。
諸多企業(yè)為了滿(mǎn)足高新技術(shù)企業(yè)的條件，將一些不是高新技術(shù)產(chǎn)品獲取的成本費用也盡量的放在研發(fā)費用中，基于此來(lái)擴增研發(fā)費用的歸集范圍，進(jìn)而影響研發(fā)期間的費用歸集，進(jìn)而出現涉稅風(fēng)險。
3.在高新技術(shù)產(chǎn)品的銷(xiāo)售在確認上不夠合理。高新技術(shù)企業(yè)關(guān)鍵條件之三就是對于高新技術(shù)服務(wù)收入以及技術(shù)性收入需要在企業(yè)總額的百分之六十以上。
一些企業(yè)為了獲取客戶(hù)信任，進(jìn)而贏(yíng)得市場(chǎng)主體地位，時(shí)常會(huì )出現夸大企業(yè)規模，虛報高新技術(shù)服務(wù)收入，進(jìn)而出現涉稅風(fēng)險。
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